人吉方面撤退後の6月12日 、村田新八は都城に入り、人吉・鹿児島方面から退却してきた薩軍諸隊を集め、都城へ進撃する官軍に対する防備を固めた。薩軍の配置は戦闘によって大幅に入れ替わりがあるので確定しがたいが、北からほぼ以下のようになっていた。
最右翼（霧島山・高千穂北麓）
小林・高原方面 ─ 破竹隊など
右翼（霧島山・高千穂南麓）
財部・庄内方面 ─ 破竹隊など
中央
敷根・福山・清水方面 ─ 振武隊・奇兵隊など
左翼
岩川・末吉・大崎・百引方面 ─ 雷撃隊・行進隊など
対して、都城に攻め入ろうとする官軍の配置は北からほぼ以下のようになっていた。
左翼
小林・飯野 ─ 別働第二旅団一部・第二旅団
中央
庄内方面 ─ 第三旅団（国分本営）
庄内・福山の中間 ─ 別働第三旅団（国分本営）
福山方面 ─ 第四旅団（敷根本営）
右翼
岩川・末吉方面 ─ 別働第一旅団（高隈本営）
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